Sulfoonimine mängib olulist rolli tänapäevase keemiatööstuse valdkonnas ja on oluline samm mitmesuguste orgaaniliste toodete sünteesis. Seda kasutatakse laialdaselt meditsiinis, pestitsiidides, kütuses, pesuainetes ja naftatööstuses. Mõnedel ravimitel on halva lahustuvuse tõttu vees kliinilisi probleeme, näiteks madal biosaadavus, suured annused, tablettide või kapslite aeglane imendumine. Pärast sulfoonimist võivad need ühendid mitte ainult parandada vees lahustuvust, vaid ka nende bioloogilist aktiivsust.
